chr1_1

cmsearch-Rfam

Family :

Hsp83_3_UTR

Id:

RF02400

Type:

Cis-reg;

Taxonomy:

Eukaryota;

Ontology:

GO:0006417 regulation of translation

Description:

not description

Score:

22.4

E-value:

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From sequence:

217239

To sequence:

217097

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                              v    v                                                           v    v             NC
                 ((--((.(((((((((,,<<<<<<<-<<<-----<<<--<<<-<<~~~~~~->>->>>->>>------>>>->>>>>>>,,,,<<___________ CS
  RF02400    214 gGUGuG.GaGaagGaGguGcCaaGuAGCCCCGUUGCGGAGaGugu*[24]*ugcCCuCCCGCuUCCCCGGCCaCuuGgCACUCacuaCCCCCUCCC 326   
                 :G G:G GAGA:: AGG  :::::: G::  GU  CGG G:: G:      U:C ::C CG   C C ::C ::::::  C C : A CCC  CCC
     chr1 217239 AGAGGGaGAGAGAAAGGGGGGGGUGGGUG-GGUAGCGGGGCAGGG*[ 9]*UCCAUGCGCGUGGCGCUCACGCACCCCGGCCCUGCAACCCUCCCC 217142
                 999999999999999*9999999999999.6999****9999776...7..578899999999999999999999999999999999999988888 PP

                                 v              v                NC
                 _______________>>,,,,,,,,,,,,)))))))))-))--))-- CS
  RF02400    327 CUUCCCUUCUCCcCcguacccccCuCUCUCuCuuuCuCGCaucCuCU 373   
                 CUUCCCU C C CC :  +C+C+CUCUCUCU ::UCUC C: CC:CU
     chr1 217141 CUUCCCUCCCCACC-CUGUCUCUCUCUCUCUCUCUCUC-CCCCCUCU 217097
                 88888876665555.777788899999***99999999.99999999 PP

>>

RNAfold
>chr1_1
UUGUGGGCGCAGGACAGCUUCCUAUCACAGCGGGACCGCCCGCGUGAGGC
GUGGCGCACUCGGCAGAUCACCAUGGCGUAUGGUCAGGAUACCAGCAGCA
GCGGUGCUAGCAUACGCCACGGCUAGCUCUGUUAACCUUGUUUGUGUGCG
GAUGUGUCUCUGUAGAGGGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGGGUGGG
GAGGGAAGGGGGAGGGUUGCAGGGCCGGGGUGCGUGAGCGCCACGCGCAU
GGACCCAUCCGCCCCUGCCCCGCUACCCACCCACCCCCCCCUUUCUCUCU
CCCUCUCUGUGGCCUGCGAUGCUGAGCCGAUUGUGGCUCCGGGCGCGCAU
GCCUGUCGUACGGUGACGGGCCCUUGACAAGUAGGAAACUCACUGAAGGG
AGCCUUCGUUGCCUCUGUUGGGGUACUGCCGGUGGCCGUGAUAGAAAUUG
UGCGGACCCGGGGAGAGAGA
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Length sequence

: 470

Length match:

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